L’AESPEF est née en tant qu’association en 2004, fruit de relations entre écoles et acteurs dans l’éducation chrétienne se retrouvant régulièrement depuis 1988 lors des Séminaires Mathurin Cordier. Ces rassemblements avaient été organisés sous l’impulsion de Luc et Manuela Bussière, aidés par l’équipe de l’Etablissement Scolaire Privé Daniel et rassemblaient au départ les écoles issues de la transmission de cette vision par Luc qui n’arrêtait pas de sillonner les pays francophones, en vue de sensibiliser les Eglises, les parents, les éducateurs en les encourageant à créer des écoles chrétiennes, appuyant son message aussi bien sur des arguments bibliques que philosophiques ou historiques.

Il était souligné en particulier que la motivation de création de telles écoles n’avait rien d’une volonté de repli identitaire ou communautariste, mais qu’elle se nourrissait d’une volonté de cohérence avec la foi biblique, avec les valeurs de l’Evangile, réponse parmi d’autres au commandement du Christ d’enseigner en son nom, et de faire de toutes les nations des disciples. De nombreux établissements scolaires protestants évangéliques sont nés suite aux conférences de Luc. Mais d’autres écoles, issues d’autres initiatives ou d’autres mouvements, ont aussi rejoint l’AESPEF, dont la première école protestante évangélique, « la Nouvelle Alliance » d’Aix en Provence, et des écoles ou des associations issues de différents réseaux d’Eglises. De dimension d’abord francophone, le rayonnement de l’AESPEF dépasse les limites européennes, mais oeuvre aussi en Afrique et au Québec. Elle assure liaison avec d’autres réseaux d’écoles chrétiennes nationaux ou internationaux.